半个多世纪的孜孜以求，孙燕院士的学术视野遍及中西医各个领域。在肿瘤医学研究方面，他融会贯通地逐渐形成了独具特色的学术思想。如果用一句话去高度概括孙燕院士的学术思想的话，其实只有四个字：“综合治疗”。而“综合治疗”，则是根据病人的具体状况，肿瘤的病理类型、侵犯范围和发展趋向，合理、有计划地综合应用现有的一切治疗手段和方式，其最终目的，就是提高癌症疗效、改善患者的生活质量。

    谈及此话题，孙燕院士回忆说：“1976年，唐山发生大地震。震灾过后不久，我便参与了编著《实用肿瘤学》——和我的老师吴桓兴教授、金显宅教授一起从事这项工作。从那时起，我即和两位前辈在书稿中确立了肿瘤综合治疗的定义。中医的辨证论治、扶正祛邪指导思想，我们在肿瘤治疗中仍需要充分发挥；祖国医学这种优良传统，在当今肿瘤的临床治疗中所占的地位也越来越重要。目前，肿瘤学者已经普遍重视开展‘综合治疗’，相关的科研课题也正在陆续开展；将来会有更多的证据证明和充实这一学术理念的的正确性；更重要的是，这能给广大患者带来更多的收益，能够挽救更多的生命!”

    业内人士也普遍认为，孙燕院士“综合治疗”的学术思想，事实上影响了我国后来的肿瘤医院的学科建设格局。

    弘扬中医，缔造“祛邪扶正”模式

    “祛邪扶正”模式，是孙燕院士肿瘤“综合治疗”学术思想的重要组成部分，这也是他融合中西医临床实践，所开创的治疗肿瘤的新模式。

    谈及“祛邪扶正”这一新模式的发轫，孙燕院士说和一封书信有关：“那是1993年，我收到了台湾地区一家医院院长写来的一封信 ......